为有效支撑学院人才培养、科学研究和社会服务工作，使得学院的管理工作适应新形势，我们需要完善内部治理体系。作为这项工作的基本原则，要充分发挥学院行政办公室工作人员在管理工作中的作用，沿着规范化、专业化方向发展，使得教师们能够专注于教学、科研工作，最大化地实现专业人做其专业的事情。

经过这些年的发展，学院当前规模已达到需设立下属行政机构的时候，考虑在学院下设置两个系：一个侧重自然复杂系统，另一个侧重社会复杂系统。此外，“信息网络与大数据中心”建设要加强，一方面为学院当前系统科学研究工作提供大数据支撑，同时逐步积累的数据库可为学院将来发展服务。针对学院人才培养工作的需求，将建立一批各具特色的教学团队。根据学院学科发展布局，逐步形成一批面对不同重大科学问题的交叉研究团队。在学院学术委员会、学位委员会的基础上，成立学院战略发展委员会，为学院学科发展提供咨询和建议。